Im Zuge der Kreisreform verloren die bis dahin kreisfreien Städte Schwedt und Eisenhüttenstadt ihren Status, sollten aber wichtige Verwaltungsaufgaben beispielsweise für das Verkehrswesen, in Sozialfragen und bei der Jugendhilfe behalten. Der Landtag ging davon aus, dass sich Kreis und Stadt über die Finanzierung einigen.
Stattdessen wurde bis zum Landesverfassungsgericht prozessiert, ohne eine nachhaltige Lösung dabei zu erzielen. Laut Werner gab es allein für die Jugendhilfe in den Jahren 1994 bis 1998 eine Deckungslücke von fünf bis sechs Millionen Euro, die durch Kredite geschlossen wurde. Inzwischen sind die meisten Aufgaben doch an den Landkreis abgegeben worden, die Schulden blieben. Das ehemalige Stadtoberhaupt warnte davor, in der aktuellen Debatte um die nächste Kreisreform die jetzigen kreisfreien Städte als Oberzentren zu schwächen.
Zuvor hatte der Hamburger Professor Hans-Heinrich Trute ein Gutachten für das Innenministerium vorgestellt. Darin wird davon ausgegangen, dass die brandenburgischen Ämter verfassungsrechtlich unbedenklich sind. In Schleswig-Holstein hatte das Verfassungsgericht die Übertragung von Verwaltungsaufgaben auf die Ämter beanstandet, da diese nicht durch direkte Wahl des Bürgers legitimiert sein. Laut Trute ist das Urteil nicht auf Brandenburg zu übertragen, da die brandenburgische Verfassung Spielräume ermögliche.
Der Rechtswissenschaftler machte den Vorschlag neben den Großgemeinden und den Ämtern die Verbandsgemeinde einzuführen. Dort soll der Amtsausschuss und die Gemeindevertretung direkt gewählt werden. Verbandsgemeinden sollten das Recht erhalten, sich Aufgaben einzelner Gemeinden auch ohne der Übertragung anzueignen. Damit ließen sich vor allem in Regionen wo eine Kleinstadt und mehrere Gemeinden drumherum zusammengeschlossen sind, Blockaden umgehen und unangenehme Entscheidungen durchsetzen.
Außerdem müsste ein Aufgabenkatalog vom Gesetzgeber festgeschrieben werden, welche Aufgaben im Amt bei den Gemeinden verbleiben, damit überhaupt noch von kommunaler Selbstverwaltung geredet werden kann. Jede Übertragung an das Amt müsse begründet und genehmigt werden. Zurzeit, so Trute, gibt es in Brandenburg keinen Überblick, welche Aufgaben von den Ämtern für die Gemeinden wahrgenommen werden.
Ein Wettbewerb zwischen den drei Modellen würde Flexibilität ermöglichen und die Kosten für einen gesetzlichen Neuzuschnitt der Kommunen sparen. Während die Idee bei CDU und FDP auf Wohlwollen stieß, tendieren Grüne und die Linke eher dazu, die Ämter in Verbandsgemeinden umzuwandeln, während die SPD erkennen ließ, an den Ämtern festhalten zu wollen.