Gideon Botsch vom Potsdamer Moses-Mendelssohn-Zentrum teilte die Nachwendegeschichte in Bezug auf Rechtsextremismus in folgende Phasen ein: Von 1990 bis 1992 war eine Zeit massiver, teils spontaner Gewalt zu erleben, etwa im Nachgang der Überfälle auf Asylunterkünfte in Rostock oder Weißwasser. Nach dem Brandanschlag auf die jüdische Baracke der KZ-Gedenkstätte in Sachsenhausen ebbten die Straftaten ab, Polizei und Justiz begannen systematischer zu arbeiten.
Nach 1996 formierte sich die rechte Szene neu in Netzwerken und Kameradschaften, gewaltverherrlichende Musik hatte ihre Hochzeit. 2000 bis 2007 setzte eine Zeit massiver Gewalttaten ein, die in zahlreichen Brandanschlägen auf asiatische oder türkische Imbisse mündeten. Botsch zog die Parallelen zum Aufbau der rassistischer Netzwerke wie "Blod an Honour", bei denen Rechtsextremisten Berlins, Brandenburgs und Sachsens enge zusammenarbeiteten. Eine der maßgeblichen Gestalten war Carsten Sz., der 1994 unter dem Decknamen Piatto vom brandenburgischen Verfassungsschutz angeworben wurde.
Der Publizist Dirk Laab verwies im Ausschuss darauf, dass Piatto schon zu Beginn der 90er engste Kontakte zu Neonazigrößen in den USA und später in Großbritannien unterhielt. Er versuchte früh in Berlin eine Organisation nach dem Vorbild des Ku Klux Klan aufzubauen. Obwohl in seiner Berliner Wohnung Bombenmaterial gefunden wurde und er an schweren Straftaten beteiligt war, blieb er auf freien Fuß. Er wurde lediglich vom Bundeskriminalamt und dem Landeskriminalamt vernommen. Laabs vermutete, dass Piatto schon vor der Zeit als V-Mann des brandenburgischen Verfassungsschutzes mit anderen Geheimdiensten, beispielsweise dem Bundesamt für Verfassungsschutz kooperierte.
Er habe schon frühzeitig zu denen gehört, die für Gewaltaktionen und den Aufbau terroristischer Netzwerke plädierten. Durch einen Fehler der brandenburgischen Schlapphüte flog Piatto im Herbst 1998 auf, wenige Monate bevor das NSU-Trio seine Verbrechensserie begann. Laut Laab wurden vom Thüringischen Verfassungsschutz Protokolle gelöscht, die hätten klären können, wie der NSU an Waffen kam.
"Dass der Verfassungsschutz Piatto so lange akzeptiert hat, ist ein Skandal", sagte Professor Hajo Funke von der Freien Universität Berlin. Das Bundeskriminalamt habe bereits 1996 von dem Brandstiftereffekt der V-Leute gewarnt. Mit Hilfe des Verfassungsschutzes hätten diese sich verselbständigt und seien statt zu einer Lösung zu einem Teil des Problems geworden, so Funke. Piatto und andere V-Leute seien daran beteiligt gewesen, dass sich die Szene ab Mitte der 90er rekonstruieren und radikalisieren konnte, sagte Botsch.
Brandenburgs Generalstaatsanwalt Erardo Rautenberg berichtete, dass man auch in Brandenburg lange den Rechtsextremismus heruntergespielt habe. Als er 2004 das "Freicorps Havelland", dass nach eigenen Angaben in der Region eine von Ausländern befreite Zone schaffen wollte und Asia-Imbisse überfiel, als terroristische Vereinigung anklagte, sei man im Innenministerium nicht begeistert gewesen. Vom Urteil des Oberlandesgerichtes, dass die Sicht der Ankläger bestätigte, wurde das Ministerium überrascht.
Laut Funke kommt dem Untersuchungsausschuss die wichtige Aufgabe zu, das zu klären, was andere Untersuchungsausschüsse und der NSU-Prozess nicht vermochten. Es gehte darum, ob der Verfassungsschutz das Umfeld der NSU kannte und Strafvereitelung im Amt beging.