Die Jüdische Gemeinde Potsdam stieg daraufhin aus der Vereinbarung aus. Der frühere Ministerpräsident Matthias Platzeck (SPD) machte in einem lokalen Zeitungsbericht den Vorsitzenden der Synagogengemeinde, Ud Joffe und dessen Geltungsbedürfnis für die verfahrene Situation verantwortlich. Anschließend stieg auch das Land aus der Vereinbarung aus. Kulturministerin Manja Schüle erklärte, dass das Land nicht ein Gotteshaus für eine Gemeinde bauen wolle, sondern eine Synagoge, die von allen Gemeinden in Potsdam genutzt werden kann. Insgesamt gibt es inzwischen sechs Gemeinden in der Landeshauptstadt, darunter die Jüdische Gemeinde Potsdam, die Synagogengemeinde sowie die Gesetzestreue Jüdische Landesgemeinde Brandenburg. Letztere hat sich nach eigenen Angaben am 10. Juni ebenfalls an das Kulturministerium gewendet, mit der Bitte an den Verhandlungen beteiligt zu werden. Eine Antwort stehe noch aus.
Wie das Kulturministerium am Freitag mitteilte, haben sich nun neue Partner für das Vorhaben zur Verfügung gestellt – und zwar die beiden Landesverbände. Dem Landesverband  der Jüdischen Gemeinden Brandenburg gehören unter anderem die Gemeinden in Cottbus, Königs Wusterhausen, Frankfurt (Oder) und der Kreise Barnim und Oberhavel an. Dem Landesverband West gehören die Jüdische Gemeinde Potsdam, die Synagogengemeinde Potsdam und die Gemeinde Brandenburg an der Havel an.
Schüle lobte, dass in der neuen Konstellation eine breitere Unterstützung und Legitimation für das geplante Gotteshaus in Potsdam möglich sei. Ihr Ziel ist es, in den kommenden Wochen eine Vereinbarung über den Bau zu erzielen. 2021 könnte damit begonnen werden. Die Fertigstellung sei 2023 denkbar.
2009 hatte es einen internationalen Wettbewerb für die Synagoge gegeben, den der Berliner Architekt Jost Haberland gewann. In den Jahren danach war viel über den Entwurf gestritten worden. Die Synagogengemeinde kritisierte zunächst, dass er nach außen nicht die Erhabenheit eines Gotteshauses ausstrahle. Unklar war auch lange Zeit, wie die Verteilung zwischen sakral und sozial genutzten Räumlichkeiten aussehen soll.
Das Grundstück in Sichtweite des Landtages stellt die Stadt Potsdam zur Verfügung. Das Land hat acht Millionen Euro für die Errichtung eingeplant. Zu klären ist noch die Träger- und Betreiberstruktur, beispielsweise über eine Stiftung, und die Frage, welche Gemeinde das Gebäude wie und wann nutzen kann.

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