Fast täglich meldet die Deutsche Bahn derzeit Fahrplanänderungen für den Regionalexpress 3. Fahrgäste können sich kaum auf verlässliche Zugfahrten oder Fahrzeiten einstellen.
So fallen alle Züge des RE 3 von Montag bis Freitag dieser Woche sowie vom 3. bis 22. November und am 24. November jeweils von 9.15 bis 19 Uhr zwischen Eberswalde und Berlin-Gesundbrunnen aus. Zwischen Eberswalde und Bernau fahren ersatzweise Busse mit abweichenden Abfahrt- und Ankunftzeiten, zwischen Bernau und Gesundbrunnen sind S-Bahnen zu nutzen. In der Nächten vom 11., 12. und 17. November fallen mehrere Züge aus. Am 23. November fallen die Züge wie schon am vergangenen Wochenende zwischen Eberswalde und Gesundbrunnen aus. Der Ersatzverkehr fährt 26 Minuten früher beziehungsweise kommt 56 Minuten später an und hält nicht in Bernau.
Die Deutsche Bahn sperrt derzeit wegen Bauarbeiten an der Bahnstrecke zwischen Bernau und Gesundbrunnen tage- und stundenweise den Bahnverkehr. In dem Abschnitt wird die Fernbahntrasse zweigleisig und für die Geschwindigkeit von 160 Stundenkilometer ausgebaut. Nahe dem Bahnhof Gesundbrunnen entsteht außerdem das neue Berliner Nordkreuz. In dem Bereich müssen insgesamt 22 Brücken über die Eisenbahnstrecke erneuert werden. Nach Angaben der Bahn werden die Brückenbauarbeiten voraussichtlich 2023 abgeschlossen.